Используя таблицы и следуя алгоритму, я
составила правильные скобочные формулы для построения филогенетических
деревьев родственных последовательностей.
Итоговое филогенетическое дерево имеет следующую скобочную структуру:
((HSPR_STRCO:34,GLNR_BACCE:34):4.3125,((Y701_SYNY3:36.5,BLTR_BACSU:36.5):0.25,YCGE_ECOLI:36.75):1.5625);
С помощью программ я получила 2 дерева (drawtree - первое дерево, слева; drawgram - второе, справа):
Программой drawgram (здесь второе дерево) было создано изображение укорененного дерева. Я не считаю его
точным в большой степени, так как судя по нему, 2 бактерии (GLNR_BACCE и BLTR_BACSU) отстоят друг от друга дальше,чем почвенный
гриб (HSPR_STRCO) от одной из них (GLNR_BACCE). С другой стороны, по этому дереву явно видна близкая родственная связь
между кишечной палочкой (YCGE_ECOLI), стенной бактерией (BLTR_BACSU)и цианобактерией (Y701_SYNY3)
(хотя, опять же, насчет цианобактерии вопрос спорный).
Программой drawtree (здесь первое дерево) создано неукорененное дерево. Я считаю это дерево более правильным,
потому что его, в принципе, можно приравнять к "звездному дереву" и следовательно, несостыковки
в результате обработки информации из укорененного дерева, отпадают сами собой.
Попробуем кратко описать сценарий эволюции, используя неукорененное дерево.
Гипотетическая общая предковая последовательность разделилась на 2 ветви, каждая из которых в свою очередь
имеет несколько ответвлений. Одна из них дает нам GLNR_BACCE и HSPR_STRCO. Вторая BLTR_BACSU, YCGE_ECOLI и
Y701_SYNY3.
В результате сравнения NJ-деревьев с соответствующими UPGMA-деревьями оказалось, что они предлагают разные сценарии эволюции.
Неукорененное NJ-дерево разделяет предковую последовательность на 3, а не на 2 ветви, как UPGMA-дерево. Различие
состоит в том, что оно "отделяет" YCGE_ECOLI от BLTR_BACSU и Y701_SYNY3.
Соответственно, то же самое делает и укорененное NJ-дерево.